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從IT到DT,中科曙光支撐生命科學(xué)大數(shù)據(jù)的探索

2019-12-02 16:44 6876
中科曙光為生科院建設(shè)生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)信息系統(tǒng)基礎(chǔ)平臺(tái)。

北京2019年12月2日 /美通社/ -- 生命科學(xué)是通過(guò)分子遺傳學(xué)為主,研究生命活動(dòng)規(guī)律,從而達(dá)到治療診斷遺傳病、提高農(nóng)作物產(chǎn)量、保護(hù)環(huán)境等目的。生命科學(xué)的數(shù)據(jù)來(lái)源和形式多樣,包括基因測(cè)序、分子通道、不同的人群等。技術(shù)的提升引領(lǐng)了IT到DT(數(shù)據(jù)時(shí)代)的變革,基于基因組數(shù)據(jù)量越來(lái)越多的情況下,生命科學(xué)大數(shù)據(jù)的發(fā)展前景將更加廣闊。利用信息技術(shù)將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成更好理解的基礎(chǔ)生命科學(xué)機(jī)制,其分析結(jié)果將給人類帶來(lái)更多福音。

計(jì)算和存儲(chǔ)是大數(shù)據(jù)研究中不可或缺的重要技術(shù)和支撐,生命科學(xué)大數(shù)據(jù)的研究也不例外。中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院(以下簡(jiǎn)稱:生科院),是國(guó)家級(jí)生命科學(xué)研究平臺(tái),整體實(shí)力和技術(shù)水平處于國(guó)內(nèi)領(lǐng)先。的領(lǐng)先除了生物技術(shù)之外,信息技術(shù)也扮演者重要的角色。在本次項(xiàng)目中,由曙光為生科院建設(shè)生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)信息系統(tǒng)基礎(chǔ)平臺(tái)(以下簡(jiǎn)稱:生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái))。平臺(tái)建成后將面向生命科學(xué)研究、生物醫(yī)藥研發(fā)、臨床醫(yī)學(xué)研究與應(yīng)用,推動(dòng)生物醫(yī)藥技術(shù)企業(yè)創(chuàng)新發(fā)展,支撐數(shù)據(jù)密集型科學(xué)研究和生物信息共享。

安全穩(wěn)定存儲(chǔ)系統(tǒng),滿足生物醫(yī)學(xué)用戶需求

生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的主要類型為文本文件、圖像文件、二進(jìn)制文件等非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),對(duì)存儲(chǔ)的要求主要在存儲(chǔ)容量的大小和大文件讀寫(xiě)通量的高低,此外少量的關(guān)鍵數(shù)據(jù)庫(kù)、索引等結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),則對(duì)存儲(chǔ)的IOPS和穩(wěn)定讀寫(xiě)能力要求較高。

未來(lái),生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái)將成為面向生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)開(kāi)放研究平臺(tái),面向世界的國(guó)際數(shù)據(jù)交流接口和合作研究基地,海量生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)資源的匯聚、管理和共享,數(shù)據(jù)的安全性至關(guān)重要。

兩地三中心架構(gòu),打造高可用生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái)

生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái)基礎(chǔ)設(shè)施由三個(gè)中心組成,分別為張江中心、岳陽(yáng)路中心和貴州中心,每個(gè)中心都需要承載相關(guān)的業(yè)務(wù)系統(tǒng)。三個(gè)中心通過(guò)科技網(wǎng)鏈路相互連通,通過(guò)同城雙活、異地容災(zāi)的兩地三中心架構(gòu),滿足生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái)業(yè)務(wù)高可用和高穩(wěn)定性。


存儲(chǔ)系統(tǒng)作為本項(xiàng)目的重要建設(shè)內(nèi)容,分別構(gòu)建了業(yè)務(wù)系統(tǒng)存儲(chǔ)、高性能存儲(chǔ)和大容量存儲(chǔ)三類資源,滿足業(yè)務(wù)、計(jì)算和海量文件對(duì)存儲(chǔ)空間和性能的需求。

業(yè)務(wù)系統(tǒng)存儲(chǔ)采用高性能磁盤(pán)陣列,以滿足業(yè)務(wù)應(yīng)用的需求;其中配備緩存加速技術(shù)滿足生物數(shù)據(jù)庫(kù)、云平臺(tái)等高I/O讀寫(xiě)需求。系統(tǒng)配置一套ParaStor分布式存儲(chǔ)系統(tǒng)滿足海量非結(jié)構(gòu)化生物基因數(shù)據(jù)的計(jì)算需求;其大容量存儲(chǔ)采用性價(jià)比高的分布式存儲(chǔ),配置Infiniband接口,滿足基礎(chǔ)海量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的共享和離線備份的需求。

存儲(chǔ)系統(tǒng)在保障數(shù)據(jù)安全的同時(shí)還充分考慮的業(yè)務(wù)系統(tǒng)的穩(wěn)定運(yùn)行。在備份系統(tǒng)建設(shè)上,采用曙光DBStor備份存儲(chǔ)系統(tǒng)和LTO5高速磁帶庫(kù)套件,支持異地容災(zāi)和備份系統(tǒng)審計(jì),通過(guò)磁帶異地存儲(chǔ)的方式實(shí)現(xiàn)了系統(tǒng)遠(yuǎn)程容災(zāi)。

通過(guò)多層次的存儲(chǔ)系統(tǒng)設(shè)計(jì),方案滿足上海生科院生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)平臺(tái)海量生物數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、計(jì)算與共享需求,更具備遠(yuǎn)程容災(zāi)功能,實(shí)現(xiàn)生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的集中存儲(chǔ)、高效共享和安全保障。為生科院建立具有國(guó)際先進(jìn)水平的科學(xué)研究綜合數(shù)據(jù)庫(kù),提供了強(qiáng)有力的計(jì)算分析能力和信息安全保障。

消息來(lái)源:中科曙光
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